引起非淋菌性尿道炎的病原体较多。主要是由沙眼衣原体和脲素支原体引起。除上述二种病原体外，白色念珠菌、大肠杆菌、滴虫、单纯疱疹病等也引起非淋菌性尿道炎。当两性接触时，病原体通过皮肤黏膜侵入健康人体内而感染发病。

卖、嫖娼、性放纵等性乱行为均是传播非淋菌性尿道炎的途径。卖嫖娼者染上性病后并不停止性乱活动，这就更加速了性病的传播。

除直接性接触外，健康人接触患者分泌物污染的用具、衣物可以及共用浴池等也会受间接感染。