它的病原体是沙眼衣原体和脲原体（分解尿素支原体）。衣原体和支原体是不被大家认识的病原体。沙眼衣原体引起的疾病较多，如沙眼、性病性淋巴肉芽肿等，但沙眼衣原体分为 18个血清型，不同的血清型引起不同的疾病。

支原体是比衣原体还要小的病原体，除引起生殖道的感染外，还引起肺炎。

在致病微生物中，细菌较衣原体大，衣原体较支原体大，而支原体又较病大。所可以说衣原体和支原体是间乎于细菌和病之间的微生物。